Emacs 25.1 rc1 ですが，主に自分で MSYS2 上で作成した物を Windows 上で使っていますけど，目立った不具合みたいなのは特に感じていないですね．はい．
けど，他にもはまっている人が居るようなので，少し書いておこうかなと．
Emacs 24.x 系から Emacs 25.x にアップデートすると
Invalid function: (append (quote ([Complete function name php-complete-function t] [Browse manual php-browse-manual t] [Search documentation php-search-documentation t] [---- t])) (c-get-lang-constant (quote c-mode-menu) (quote (cc-langs))))
なエラーが出る場合があります．
これは pho-mode.el がエラーを吐いていますね．elpa から php-mode をインストールしたのであれば ~/.emacs.d/elpa/php-mode-20160812.2247/php-mode.elc を消せばエラーはなくなるかと思います．インストールしている php-mode のバージョンによって 20160812.2247 の数値は変わりますのでご注意を．
もしくは elpa から再インストールするのでも良いのかな？
自分で php-mode をインストールしているのであれば，自分でインストールしたディレクトリ以下の php-mode.elc を消せば良いでしょう．
elc は無くても el があれば動作しますけど，気になる人は emacs 上から M-x byte-compile-file などで php-mode.el を指定することで elc を作り直せば良いかと思います．
以上，参考まで．
