Xwindow でのマウス動作ですが，通常は MS Windows と同じように，マウスホイールを上に動かすと上にスクロールします．
最近はすっかり Mac のようにマウスホイールを上に動かすと下にスクロールさせるのに慣れてしまってデフォルト状態ではストレス溜まりまくり．ということで，Mac のようにスクロール動作を変更するには下記のように設定すればいいでしょう．属に言うナチュラルスクロールってやつですね．
.Xmodmap に
pointer = 1 2 3 5 4 6 7 8 9 10 11 12
と記述．4 と 5 が入れ替わってます．はい．
で，
% xmodmap .Xmodmap
を実行すればマウスのホイールの挙動がすべて上下逆になります．
コマンドラインからの直接実行だと
% xmodmap -e "pointer = 1 2 3 5 4 6 7 8 9 10"
ですかね．
ウインドウマネジャーに設定があればそちらを使ってもいいですが，いろんなウインドウマネジャーを使う場合には上記設定の方が一括設定できるので楽かと思います．
ルート権限があるなら，synaptics を使っている場合にはシステムの xrog.conf 中に
Option "HorizScrollDelta" "-100"
とマイナス値を設定する方法などいろいろと方法がありますが，まぁ，ユーザー権限で設定しておいた方が個人的には便利かなと思ってます．
