vagrant のドキュメントを読めばそのままだけど，まぁ備忘録もかねて書いてみます．
下記は Mac + VMware Fusion という環境前提で書いていますが，それ以外の方は適宜読み替えてください．
標準配布されている box を手元で色々とカスタマイズした物を再び box 化する方法ですが VirtualBox を使っていれば vagrant package コマンドで良いようですが，VMware を使ってると package コマンドなんて使えないよと怒られます．
ということで手作業が必要．
VMware の場合，.vagrant ディレクトリ以下に vm が作成されていますが，基本的には tar + gzip で固めるだけです．
けどその前にちょっとだけ作業が必要になります．
容量を少なくするためにあらかじめ vm の中で debian/ubunut なら apt-get clean, RHEL/CentOS なら yum clean を実行しておきましょう．
で，/Applications/VMware Fusion.app/Contents/Library 以下に vmware のコマンドがありますので下記を実行します．vmdk ファイルは .vagrant ディレクトリ以下にあります．.vagrant/machines/default/vmware_fusion/xxxxxxxx-xxxx-xxxx-xxxx-xxxxxxxxxxxx/ とかです．最後のディレクトリ名はランダムにつけられるようですね．で，下記を実行．
% vmware-vdiskmanager -d /path/to/main.vmdk
% vmware-vdiskmanager -k /path/to/main.vmdk
vmware-vdiskmanager のマニュアルを見ると判りますが，これらのコマンドで vm のディスクに対して defragment と shrink を行っています．まぁ，容量を減らすための作業ですね．必要なければスキップしても良いと思います．で，
% tar cvzf custom.box ./*
box ファイルを作成した後，
% vagrant box add --name custom custom.box
すれば
%vagrant box list
custom (vmware_desktop, 0)
と表示されるようになりますので通常の物と同様に
% vagrant init custom
% vagrant up
% vagrant ssh
などで使えるようになります．
box 作成手順を bash script で組むとこんな感じかな？
#!/bin/bash
VMWARE_TOOLDIR="/Applications/VMware Fusion.app/Contents/Library/"
VMX_FILE=`cat .vagrant/machines/default/vmware_fusion/id`
VMX_DIR=${VMX_FILE%/*}
VMX_DIRNAME=${VMX_DIR##*/}
BOX_NAME=`basename $VMX_FILE .vmx`
WD=`pwd`
"$VMWARE_TOOLDIR"/vmware-vdiskmanager -d $VMX_DIR/disk.vmdk
"$VMWARE_TOOLDIR"/vmware-vdiskmanager -k $VMX_DIR/disk.vmdk
pushd $VMX_DIR
tar cvzf $WD/${BOX_NAME}_custom.box ./*.vmdk ./*.json ./*.nvram ./*.vmsd ./*.vmx ./*.vmxf
popd
vmdk ファイル名や作成する box ファイル名などは適宜各自の環境に合わせて修正してください．.vagrant ディレクトリ以下にある id ファイル中に vm のディレクトリ名称が記載されているので cat して利用しています．また，Mac の場合，VMWARE_TOOLDIR にスペースを含んでいるので若干小細工してます．
ただし，一点注意点．
最初に box 作成を行うための vm を作成する際に使用する Vagrantfile 中には
config.ssh.insert_key = false
を記載しておきましょう．これを記載しておかないと box 化する vm の ssh の authorized_key が置き換えられてしまい，パスワードなしでの ssh ログインが出来なくなってしまいます．そのため，作成した vm を box 化して add したものを使おうとすると vagrant up 時に
default: Warning: Connection refused. Retrying...
が延々と表示されて立ち上がらない状態になります．正確に言うと立ち上がってはいるんだけど，ssh でパスワードなしにログインできない状態ね．
こうなると Ctrl-C で止めた後，
% vagtant ssh-config
で IdentityFile の場所を確認した後，
% ssh-keygen -yf IdentityFile名 > pub.key
で pub.key ファイルを作成．
でユーザ名 vagrant，パスワード vagrant で vm にログインした後，.ssh/authorized_keys に上記で作成した pub.key を追加するという作業が必要になります．
しかし，box 作成を行うための vm を作成する際に使用する Vagrantfile 中に
config.ssh.insert_key = false
を記載しておけば，元々の authorized_keys ファイルが box を作成するための正しい状態で保たれるので，上記のような面倒な key 追加作業を行う必要はなくなります．
少し調べてみると Vagrant 1.7 以降からこういった仕様になったみたいですね．
以上，参考まで．
